巴封无力与巴黎大学神学院争论，被迫宣布放弃他的理论，并被责成发表了如下声明：“我宣布无意对抗圣经，我坚定地相信创世说所说的一切，包括时间顺序和所有事实；我放弃我书中一切关于地球形成以及任何可能与摩西的告诫相冲突的内容。”显然，与加利略对抗的教训并没有使神学家们在天文学之外的领域里变得聪明起来。
第一个阐述现代科学地质学的是哈顿(Hutton)，他的《地球理论》在1788年首次出版，并且在1795年再版了增编本。他假定造成地球表面过去变化的因素现在仍然在起作用，而且没有理由认为这种变化在过去要比现在更活跃。虽然这个假定看起来象是一个原理，但是哈顿在某些方面超出了它的应用范围，在某些方面又对它阐述得不够。他认为沉积岩沉积海底造成的海水对大陆的侵蚀是造成大陆消失的原因，而新大陆的形成则是由于突发灾难的结果，他没有足够考虑陆地突然沉降和慢慢升起在大陆变迁中的作用。但是所有在他之后的地质科学家都认同他的基本方法，那就是用现在还在发生作用的地质变迁的现象去解释过去曾经发生的事情，他们认为在漫长地质年代中产生的巨大变迁的原因，就是现在仍然在缓慢导致海岸线移动、高山起伏而动以及海底升降不停的同一种力量。
与摩西年表的冲突使这个观点在其早期难以为人们接受，对《创世纪》坚信不移的信徒们更对哈顿和他的追随者普雷费尔(Playfair)进行了猛烈的攻击。莱尔(Lyell)在他的《地质原理》中说：“一小撮人对哈顿派原理的激情，以及在争吵中表现的对正义与崇高精神的漠视，并不是哈顿理论的功劳，只是当时英国大众那种普遍的狂热激情的一种反映而已。多年来法国的一批作家们就通过协作性的努力，通过削弱基督教信仰的根基，来削弱教会的影响。他们的成功以及大革命的成果，引起了意志坚定的人们的警觉，但是对于那些胆小的人们，革新带来的恐惧则象梦魂一样萤绕着他们。”直到1795年，英国的富有者都一直把非圣经的原理看作是对财富的侵犯，甚至是把他们拉上断头台的威胁力量。许多年中，英国人的主张还不如大革命之前自由。
由于地质化石资料表明了大量的生物已经消失，所以地质学的进一步发展就与生物学混在一起。如果仅仅考虑世界存在的久远性，通过把“六天”解释成“六个时代”，地质学和神学便可以达成某种共识。但是对动物的生命这样的问题，神学发现它的一贯立场却很难容入科学的框架。在人类堕落之前，动物之间不应该存在互相残杀，所以现存物种都是方舟中保存下来的，除了极少数外，灭绝的物种都是在大洪水中淹死的(这种主张也有它的困境。圣奥古斯丁就因为他自己不知道上帝制造苍蝇的原因而向上帝忏悔。路德则这几乎强词夺理地大胆断言，苍蝇是魔鬼制造的，其目的是为了干扰他撰写有益的论著)。物种是永恒不变的，每一物种都是创世时分别创生的。对这种主张的任何疑义都会招致神学家们的敌意。
神学的困境始于新大陆的发现。美洲远离阿拉拉特山(Mount Ararat)，在那里存在的许多动物却不能在它与阿拉拉特山的中间地带找到。那些动物怎么样才能迁徙如此之远，而又没有在路上留下任何它们的同类？有些人认为是远航者把它们带去的，但是这种假设也有它的困境，虔诚的耶稣会信徒约瑟夫阿考斯塔(JosephAcosts)就为之深深困扰，他献身于将印第安人转化成基督徒，但是他自己的信仰却发生了动摇。在他的《印度群岛自然精神史》一书中不无道理的说：“谁能设想一个远航者会不怕困难，把狐狸带到秘鲁，特别是那种叫做‘艾狎斯’的、我所见过的最肮脏的那种？同样地，谁能解释他们携带了老虎和狮子？这种想法简直可笑之至。很难设想一个被迫出航的远航者，在自己的生命都时时被风暴所威胁时，会带着狼和狐狸到海上并对其奚心照料与饲养。”这类问题导致神学家们做出新的解释：这种肮脏的艾狎斯狐狸和其它笨拙的野兽，是偶然由太阳用淤泥制造的。不幸的是并没有证据显示这和方舟有关。但是即使你接受他们这种说法，也无法解释许多现象。比如说那些运动迟缓、懒慢的南美树赖，是如何从阿拉拉山达到遥远的南美洲的？
随着动物学的进展，众多的种类逐渐被发现，这就引出了另一个麻烦。现在所知的动物多达数百万种，如果每种都有两个放在方舟上，其拥挤程度将不堪设想。还有，是亚当给所有的动物起的名字，在他的生命之初那似乎是一个过于庞大的任务。澳大利亚的发现又带来了新的困扰。为什么所有的袋鼠，一只不留的都跃过了淘瑞斯海峡？按照那时的生物学的进展，太阳从污泥中制造第一对袋鼠的说法是难以立足的，因此就有了一种对全新理论的强烈需要。
在整个十九世纪，所有这些难题引发了宗教信仰者的思维。比如由《上帝存在之必要》等书的作者、苏格兰神学家威廉基勒斯徘(William Gillespie)所着的《 地质学的神学，一如休米勒(Hugh Miller)等人所例证》一书就是一个例子，这本书在1859年，亦即达尔文的《物种起源》问世的同一年出版。它谈到“地质学家的引起恐慌的假说，”并谴责他们“善于莽撞攻击而怯于深刻思考。”作者考虑的主要是休米勒在《岩石的证据》中提出的问题，休米勒在那本书中坚称：“在人类获罪、受惩罚之前那段没记载的年代中，动物在创造之初就处在与现在完全相同的互相杀戮的状态。”休米勒还生动、不无恐怖地描述了在人类存在之前，那些已经灭绝的动物互相杀戮、残害时所使用的工具。具有深深的宗教信仰的他，很难理解为什么造世主要把这种痛苦加在这些无辜的生灵身上。尽管面对这些证据，基勒斯徘还是大胆地重新确认了正统的观点：低级动物遭难与死亡是由人类的罪恶造成的，他还引用圣经中“人带来了死亡，”一句话，来证明在亚当吃苹果之前动物是不死的。在引用了休米勒描述灭绝动物互相残杀的文字后他惊呼，仁慈的造世主不可能创造那样
