中国的供销社、信用社等“合作社”，当年在相当程度上，正是为了对农民进行“社会主义改造”、乃至进一步提取工业化积累，才建立起来，是为先天不足；此后竞相追求“一大二公”，职工以“非农户口”和吃“商品粮”为荣，干部以“行政级别”和“政治待遇”为念，产权不清，管理不善，是为后天失调；作为计划经济的历史产物，长期又处于行政垄断地位，简单地指望他们摇身一变，放下身段全心全意为农民融入市场经济服务，是为南辕北辙。
当然，现在也有不少供销社和信用社的官商习气在市场竞争的压力下有所转变，甚至开始改善了服务态度，实现了一些“经济效益”。但从目前的主流方向上看，它们主要不是恢复合作社的性质，而是纷纷化身为经营自主的独立企业，以利润最大化为主要（甚至是唯一）追求；更有甚者，在“内部人控制”下，完全以职工或个别领导的利益为转移。有的供销社不遗余力地盘剥农户（往往也是自己的社员），较私商亦有过之；有的信用社则参与高利贷。以农村信用社为例，其对社员的贷款程序、标准与商业银行基本相同，非社员贷款比重占到30—50％[]。至于民主管理云云，亦长期流于形式。所以在农民看来，信用社并非自己的互助性合作金融组织，而是政府部门(或国家银行)的附属机构；同样道理，供销社也难区别于一般商业企业。
突出的问题还在于市场准入。现有的供销社、信用社虽然难以适应形势的需要，却在各自的领域享有排他性的专营权，借助其垄断地位将低效、浪费和腐败所导致的高额成本转嫁到农户头上，导致农业成本的不断上升。近年来，农业服务费用上升了22%，年均增长9%，这也是农民负担过重的一个原因。农业固然是国民经济的基础，但从社会再生产过程来看，也只是其中的一环，有其上游和下游。农户参与市场经济，必然是有进有出，同样是“两头在外”。择其要者，一头是购进化肥等农业生产资料，一头是卖出粮食等农产品。问题是众多分散的农户处于双重的市场垄断之下。在粮食市场上面临着粮站系统的买方垄断，在化肥等农业生产资料市场上面临供销社系统的买方垄断。在此情况下，任何新生的流通合作社都是难有作为的。
三、村治的整合
现在看来，村民自治的实施与农村合作社体制的改革各行其道，都难以成功；要其成功，有待于两者的胜利会师或整合，实现新村治。从村委会来说，两头受气，也是因为功能过于单一。无论为上级政府代收代缴，还是仅仅维持自身的运作，办些社区公共事务和公益事业，村委会都必须直接面对众多分散的农户，资金筹措殊为不易，更容易导致干群的对立。何况合作社系统，再加上国营粮站，控制了主要农产品和农业生产资料的基本购销渠道，在这种利益格局之下，村民自治的空间极其有限，“民主”无甚可为，命运并非操之在己，打一个未必恰当的比方，乞丐群体不会因为内部民主而变得富有，囚犯群体不会因为内部民主而赢得自由。
但是，如果我们转换思路，将供销社、信用社改革以及新生合作社、专业协会的发展纳入村治框架，在乡村设置综合性的基层农协，确立其法人地位，以农协或农协式的村委会为主体实施村治，就可以同时借助市场中介的机制，在自愿交易的基础上，从流通环节获取必要的盈余用于社区公共事务和公益事业，这样不太容易遭到农民的抵触，也极大降低了征收成本。
从农村合作社来说，我们长期视之为“集体所有制企业”，却几乎忘记，从其历史渊源来看，这个集体并非内部的员工集体，而是当年的“社员”集体。当年的“社员”就是今天的村民。市场经济条件下，合作社及其员工之间仍然适用一般的雇用劳动关系，“社员”之于合作社，则应当诉诸于资本的逻辑（虽然这些资本的份额通常比较持平）。所以，农村合作社的迫切问题，是从“官本位”回归社会，重返社区。但是，供销社、信用社的规模多已较大，直接改制为基于村民个人的会员制组织，在操作上很不方便，也不利于形成有效的治理结构。结合农协的设置，这个问题可以迎刃而解。譬如，将这些合作社成建制划归农协，或者，合作社以基层农协为其单位会员，就比较容易解决“所有制缺位”的问题。
欲加强农协地位，必先充实其法人财产，在改革的起步时期尤其如此。除了上述“收编”合作社的措施之外，还可从农村集体土地中划出适当比例的“公地”，由农协支配，以其出租收入支持社区组织的运行。在传统社会条件下的宗族自治，不是也有类似于“公地”的制度安排吗？农协也应当是村办企业权益的合法持有者。另外，原来“公社”一级的“集体”资产，在“社改乡”过程中，似乎不知所终，其实大都纷纷演变为乡镇政府所有或实际控制。如果按照一些学者的主张，撤销乡级政府建制，缩编为乡公所，则应有一些乡镇财产“物归原主”，由农协代领。在县乡机构改革中，如农技、农机、农经之类的所站，也可以精简整顿后整体划归农协，或成为个别“收编”的对象。最后，既然已在考虑减持国有股以充实社会保障基金的问题，那么，国有资产净额当中属于历史欠
