(1)对农业征收增值税，借鉴国外的一些成功做法，同时考虑我国的实际情况，可以对农业大户如国有农场、农业种植、养殖大户等采用13%的增值税低税率，对只拥有小片土地、生产规模较小的一般农户采用6%的征税率，并科学设置起征点，由税务部门在农民进行市场销售时征收。在城乡统一税制初期，考虑到农户销售行为比较分散，税务部门直接征收可能会有一定的困难，可先由财政部门核实各户实收产量，减去起征点的数量，求出应有的商品量后依率计征。
为便于操作，各省可以结合本省实际自行确定自用粮食数量和农业生产资料增值税的数量标准，起征点金额因农户经营不同，可按年(粮食)或按月(农业特产)或按日(农业特产)确定。
(2)对农户征收个人所得税，该税种以每户农民家庭为纳税人，征税对象是农户的各种所得，按年计算清缴。对农户征收个人所得税具有现行个人所得税中工资薪金所得和个体工商户生产、经营所得双重性质，因此在计税依据的确定上应实行双重扣除，即农户的生产经营支出(投入)和农户家庭成员的必要生活支出。
考虑到我国农民的积累能力很低，同时参考国外对农户征收很低的税率甚至实施专门的财政补贴，我国对农户征收个人所得税时税率设计应该较低，可考虑采用地区差别的超额累进税率，以解决农村不同地区、不同纳税能力农民的税负公平问题，具体可由各省自行规定。
四、公共财政在农村存在缺位现象
根据公共财政理论，政府提供的产品应当是市场失灵的公品，包括行政管理、国防外交、教育卫生等领域，政府的一项重要职能就是要提供公品，应该由政府完成的事而没有做，是政府的支出缺位，反过来，不应由政府管的事政府却插手去管，则是政府职能的越位。毫无疑问，农村义务教育、民兵训练等属于公品的范畴，理应由国家财政承担。从世界各国的情况来看，农村义务教育、民兵训练等支出也都由中央财政开支，另外，优抚支出、计划生育、乡村道路建设等经费支出要农民负担也是不合理的，这一块也应由财政负担。就我国的财政现状而言，也已经具备了这样的条件。
首先，财政收入方面，从近些年的情况来看，财政收入有了迅猛增长，2003年更是达到了2万亿元以上，与此同时我国税收每年仍存在约4000亿元的税收流失，国家完全可以通过进一步完善税制，继续强化税收征管，保证国家财政收入的较快增长。据国家税务总局统计，2002年的财政收入增加额中，由于税收征管因素增加的税收收入就达500亿元。
其次，财政支出方面，按照公共财政的要求，中央财政可以通过逐步退出竞争性领域等支出调整来解决农村的资金来源问题，真正把该由财政承担的农村义务教育等问题承担起来，不留支出缺口，从财政体制上把农民从过重的税费负擔中解脱出来。
依笔者看来，农村税费改革的顺利推进、最终把农民负担真正降下来，彻底解决“三农”问题、搞活农村经济，理顺国家、集体和农民之间的分配关系，就必须要树立市场经济的观点，运用公共财政的思路，全面系统地进行各种配套改革。
